وفاته ومدفنه ورثائه في أيّام انزواء ، وعبادته السنوية عند قبر والده العلّامة بتخت فولاد أصبهان في شهر رجب عام 1300 الهم بأنّ موته قريب ، فلذا ترك أصبهان وساكنيه من دون وداع معهم خوفا من ممانعتهم لخروجه ، وقصد العراق وعتباته العاليات بسرعة تامة بحيث يسير في يوم واحد مسير يومين ولم يدخل في كثير من البلاد خوفا من الاستقبال والضيافة والزيارة واعتذر منهم بأنّي عاجل في هذا السفر ، وهكذا اعتذر من العلّامة السيد محسن العراقي رحمه اللّه في مدينة سلطان‌آباد [ أراك ] ولم يدخل البلد . سار بهذه الكيفية حتى يدخل مدينة كربلاء في ليلة عاشوراء من سنة 1301 فزار مولاه الإمام الحسين عليه السّلام في ثلاث ليال ثمّ خرج إلى مدينة النجف الأشرف وعند دخوله زار أمير المؤمنين عليه السّلام ثمّ ذهب إلى بقعة جدّه الشيخ جعفر كاشف الغطاء قدس سرّه وبها أعيان أولاده وهم أخواله وأبنائهم ، وعيّن لنفسه قبرا وأمر بحفره ثمّ خرج من المقبرة ودخل في منزل جدّه الشيخ جعفر كاشف الغطاء حيث عيّن له من قبل ولم يبق أياما حتّى وافاه الأجل في ثمان ليال مضى من شهر صفر عام 1301 ودفن عند قبر الشيخ جعفر كاشف الغطاء في الغري الشريف . يحكى لنا حفيده العلّامة الشيخ أبي المجد محمد الرضا النجفي الاصفهاني قدس سرّه هذه الواقعة وحيث كان هو وأبوه الشيخ محمد حسين قدس سرّهما في معيّة الشيخ في السفرة العاجلة من أصبهان إلى النجف الأشرف : « ولما كان شهر رجب سنة 1300 وعمره يقرب من السبعة والستين اعتزل أيّاما عند قبر والده